「COSMOGRARHIA ACADEMIAE〜学術標本の宇宙誌」展は、医学・自然（動物・植物・鉱物）・建築・工学という４つのセクションからなっています。展示コレクションとしては、本学最初の医学博士・名誉教授である三宅秀の学術標本コレクション、E.モースの直弟子佐々木忠次郎・飯島魁らの動物標本コレクション、工部省工学寮時代の工学模型・機器のコレクション、内田祥三・井口在屋・徳川武定らのガラス乾板原板・工学模型・機器のコレクション、加藤弘之像をはじめ本学の教育研究を担ってきた博士らの肖像のコレクション、E.エアトンの大型什器をはじめ本学の教育研究の現場を支えてきた標本・掛図・模型・機器・什器のコレクションがあります。

小石川分館ではこれらのコレクションの学術的位相とともに、骨・剥製・植物・鉱物あるいは木・石・金属・なまりガラスなど、標本1点1点の質感のヴァリエーションを重視し、標本を支える什器も古いものを中心に厳選して相互に最適な組合せを模索することで、全体として一つのアート作品に比肩しうる三次元〈小宇宙〉の実現を図っています。そのうえ旧東京医学校や旧小石川薬園・養生所という歴史的由緒、新旧の骨組みが混交する擬洋風木造建築、自然豊かな植物園という都心有数の立地環境を享受する本館は、標本・什器・建築・立地環境というトータルな面において、まさに〈学術標本の殿堂〉とでも呼ぶにふさわしい状況を達成しつつあるといえます。

学術標本の展示が一つの究極形を獲得したいま、当初の「学校建築デジタルミュージアム」構想も新たな局面をむかえています。本館では、学問の実像と学問の場たる建築との関係、学術標本一般に対する建築資料・デジタル画像の特性、三次元〈小宇宙〉の構成要素としての適性を考慮し、既存の学誌財グローバルベースのコンテンツ拡充に加えて、いくつかの実験的な試みをスタートさせています。