総合研究博物館がこれまでに構築してきた、ミュージアムや大学など学術研究機関間のつながり（ネットワーク）、膨大な学術標本コレクション（モノ）、展示公開のための空間・情報デザイン技術（ソフト）を基盤リソースとして、国際的な学術交流ネットワークの形成を目指している。

総合研究博物館は、海外学術調査や学術標本交換を通じて海外のミュージアム・大学等の学術研究機関と共同研究を積極的に推進してきた。非欧米圏では、タイのチュランコン大学、エチオピア国立博物館、シリア国立ダマスカス博物館、シリア国立アレッポ博物館、モンゴルの国立自然史博物館、北京の清華大学、欧米圏ではオランダのライデン大学と自然史博物館、フランスの文化コミュニケーション省、国立自然史博物館、カリフォルニア大学バークレー校、クリーヴランド自然史博物館など、海外諸機関と共同研究、学術交流を行っている。エチオピアの国立博物館、北京の清華大学ジャーナリズム・コミュニケーション学部、フランスの文化コミュニケーション省とは、すでに部局間協定等を結んでいる。
　展覧会等の公開事業においても同様で、ライデン大学とは「シーボルト」展、オランダの自然史博物館における「シーボルト収集日本産鉱物標本展示」などの国際共同事業を実現しているし、またシリアの両国立博物館、エチオピアの国立博物館に対しては、展示への協力という具体的な学術支援を行っている。また、これらの学術交流、共同研究にともなって、アジアや欧米から毎年多くの研究者、留学生、学術関係者を、教育、研究、実習の名目で受け入れている。展示デザインやデジタル・アーカイヴの先進性・実験性が、大学関係者・ミュージアム関係者の関心を呼んでおり、国内外各地からの視察もまた、毎年相当数に上る。