1963.05.21 第1回東京大学総合研究博物館設立準備委員会
1964.07.14 上記委員会を東京大学総合研究資料館設立準備委員会と改称
1964.11.11 総合研究資料館庁舎着工
1965.04.01 初代館長に渡辺武男就任(-68.3.31)
1965.04.20 東京大学総合研究資料館規則および運営委員会規則制定
1965.05.19 第１回東京大学総合研究資料館運営委員会
1965.07.31 1,645㎡竣工
1965.12.09 開館記念式典(東洋文化研究所と合同)
1966.03.17 英文名称をThe University Museumに決定
1966.04.01 東京大学総合研究資料館発足
地理、鉱山、地史古生物、鉱物、岩石・鉱床、動物、植物、医学、薬学、考古、人類・先史、文化人類の12資料部門
1966.06.25 第1回東京大学総合研究資料館講演会
1967.03.13 第1回東京大学総合研究資料館資料部門主任会議
1967.03.15 増築1,092㎡竣工
考古美術、水産動物の二部門増設、14資料部門となる
1967.10.01 第1回総合研究資料館展示(-68.5.31)
1967.10.17 東京大学総合研究資料館規則改正
1968.03.25 増築2,318㎡増築(新館)竣工
森林植物、美術史、建築史の3部門増設、17資料部門となる
1968.04.01 館長に原寛就任(-71.3.31)
1969.03.31 東京大学総合研究資料館業績集創刊号刊行
1969.12.12 第1回東京大学総合研究資料館一般公開(-69.12.13)
1970.03.31 東京大学総合研究資料館研究報告創刊号刊行
1971.04.01 館長に太田博太郎就任(-73.3.31)
1973.04.01 館長に関野雄就任(-76.4.1)
1975.02.18 東京大学総合研究資料館規則改正
1976.01.11 東京大学総合研究資料館標本資料報告創刊号刊行
1976.04.01 館長に江上信雄就任(-77.3.31)
1976.05.19 特別展示『ツュンベリー来日200年記念』展開催(-76.5.25)
1976.12.09 創立10周年記念式典
1978.04.01 館長に渡邊直経就任(-80.3.31)
1979.05.06 特別展示『大森貝塚―モース博士発掘100年記念』展開催(-79.5.8)
1980.04.01 館長に稲垣榮三就任(-84.3.31)
1981.01.16 将来計画委員会発足(-82.9.30)
1982.09.30 総合研究資料館の将来像「大学博物館の構想」を発表
1984.03.24 増築3,453㎡竣工。東洋文化研究所と交換分合により2,737㎡引渡し。面積合計5,771㎡
1984.04.01 館長に埴原和郎就任(-85.3.31)
1984.11.05 新館開館記念式典および「東京大学総合研究資料館展示解説」出版
1984.12.03 新館落成記念講演会
1985.04.01 館長に能勢幸雄就任(-87.3.31)
1984.05.10 東京大学総合研究資料館ニュース創刊号刊行
1986.11.28 創立20周年記念シンポジウム『東アジア・西太平洋地域の生物地理』開催(-86.11.29)
1987.04.01 館長に武内壽久禰就任(-89.3.31)
1988.10.21 特別展示『東京大学本郷キャンパスの百年』展開催(-88.12.20)
1989.04.01 館長に養老孟司就任(-93.3.31)
1990.11.14 国際シンポジウム『アジアにおける現生人類の進化と拡散』開催
1991.02.02 特別展示『乾板に刻まれた世界―鳥居龍蔵の見たアジア』展開催(-91.4.30)
1992.11.16 特別展示『異民族へのまなざし―古写真に刻まれたモンゴロイド』展開催(-93.3.25)
1993.04.01 館長に青柳正規就任(-96.3.31)
1993.11.15 第1回学芸員専修コース開催(以降、毎年)
1994.06.06 特別展示『文明の想像力――古代アンデスの造形芸術』展開催(-94.6.30)
1994.06.08 ペルー共和国フジモリ大統領来館
1994.10.11 東京大学コレクションⅠ『東アジアの形態世界』展開催(-94.12.16)
1995.03.31 増築2996㎡(新館)竣工
1995.04.01 特別展示『日本解剖学100周年記念特別展』開催
1995.06.16 文部省学術審議会学術情報資料分科会学術資料部会より「ユニバーシティーミュージアムの設置について」の中間報告
1995.06.20 東京大学コレクションⅡ『動く大地とその生物』展開催(-95.8.31)
1995.11.08 新館竣工記念特別展示『ネアンデルタールの復活』展開催(-95.12.24)
1995.12.11 天皇皇后両陛下行幸啓
1996.01.23 特別展示『幕末・明治期古写真等資料』展および『幕末・明治の人物群像』展開催(-96.2.12)
1996.04.01 館長に林良博就任(-96.5.11)
1996.05.11 東京大学総合研究博物館発足 初代館長に林良博就任(-99.3.31)
改組により、研究部にキュラトリアル・ワーク研究系、博物資源開発研究系、博物情報メディア研究系の3研究系確立
1996.09.09 総合研究博物館開館記念特別展示・東京大学コレクションⅢ『歴史の文字―記載・活字・活版』展開催(-96.10.13)
ウロボロス創刊号刊行
1997.10.16 東京大学創立120周年記念東京大学展――『学問の過去・現在・未来』展開催(-97.12.14)
第一部：安田講堂・附属図書館 東京大学コレクションⅤ『学問のアルケオロジー』
第二部：総合研究博物館 東京大学コレクションⅥ『精神のエクスペディシオン』
第三部：安田講堂東京 大学コレクションⅦ『建築のアバンギャルド』
第四部：特設エアドーム『知の開放』
1998.03.02 常設展示『アジアの人類遺跡』展開催(-98.5.15)
1999.04.01 館長に川口昭彦就任(-01.3.31)
1999.04.19 常設展示『BONE/骨 形と機能を支えるシステム』展開催(-99.9.10)
2000.07.24 常設展示『BONE/骨2 生きものを支えるもの』展開催(-00.12.22)
2000.10.26 シーボルト収集日本産植物標本コレクション贈呈式開催
2000.10.30 外部評価委員会の実施
2001.01.24 常設展示『BONE/骨3 生きものを支えるもの』展開催(-01.6.29)
2001.04.01 館長に高橋進就任(-06.3.31)
事務部が研究協力部研究協力課に統合
2001.11.08 東京大学総合研究博物館小石川分館開会式の開催
2001.11.12 東京大学総合研究博物館小石川分館開館
2002.05.29 東京大学総合研究博物館寄附研究部門運営内規の制定
2002.06.29 ミュージアム・テクノロジー寄附研究部門の設立を運営委員会が承認
2002.10.01 ミュージアム・テクノロジー寄付研究部門発足
2004.11.13 コンセプト・マーク・商品開発などを監修した東京大学コミュニケーションセンターが開店
2005.09.25 エチオピア国立博物館と国際交流協定締結
2005.10.01 ミュージアム・テクノロジー（2）寄付研究部門発足
2006.04.01 館長に林良博就任（-10.3.31）
2006.07.19 博物館ホームページ・リニューアル版公開開始
2006.07.24 モバイルミュージアム基本計画案のプレゼンテーション
2006.07.31 博物館脇通用門（仮称）基本計画作業開始
2006.10.04 興和不動産株式会社とモバイルミュージアム共同記者発表
2006.10.10 モバイルミュージアム・南青山、第Ⅰ期展示開始（-07.7.20）
2007.01.17 赤坂インターシティーにて『モバイルミュージアム・赤坂』除幕式、第Ⅰ期展示開始（-07.7.20）
2007.10.15 懐徳門竣工
2007.11.05 東京大学「知のプロムナード」スパイラルベンチ竣工
2008.07.26 受託研究として参画した長野市立博物館分館「戸隠地質化石博物館」開館
2009.04.01 インターメディアテク（IMT）寄付研究部門発足
2009.07.24 常設展示『キュラトリアル・グラフィティ――学術標本の表現』展開催（-13.5.24）
2009.10.01 マクロ先端研究発信グループ発足
2010.04.01 館長に西野嘉章就任（-17.3.31）
2010.04.01 放射性炭素年代測定室、全学委員会より組織替え
2010.05.28 モバイルミュージアム・学士会館、第I期展示開始（-10.11.11）
2010.10.16 国立台湾芸術大学芸術・文化政策管理研究科と国際交流協定締結(-25.10.9)
2011.05.10 文京区立湯島小学校にてスクール・モバイルミュージアム『火星』展開催（-11.10.18）
2011.09.01 受託研究として参画した茨城県桜川市「真壁伝承館・歴史資料館」開館
2013.03.21 JPタワー学術文化総合ミュージアム『インターメディアテク（IMT）』開館
2013.04.01 大学アーカイブ室発足
2013.09.09 岩手県大槌町中央公民館内に「大槌文化ハウス」開館
2013.10.21 宮崎県美郷町旧町立渡川小学校内に「国際うなぎLABO」開館、同所にてモバイルミュージアムinみやざき展示開始
2013.11.04 フィリピン国立博物館と国際交流協定締結
2013.11.22 ケ・ブランリ・ジャック・シラク美術館と国際交流締結(-23.11.21)
2014.04.01 太陽系博物学寄付研究部門発足
タンデム加速器分析室（MALT）、工学系研究科より組織替え
2014.07.08 宇宙ミュージアムTeNQ開館
2014.11.21 ウプサラ大学グスタヴィアヌム博物館と国際交流協定締結(-24.11.20)
2014.12. コンフリュエンス博物館と国際交流協定締結(-24.12.8)
2015.03.12 コンパクトAMS装置設置完了
2015.05.29 「AMS公開ラボ」竣工記念披露会開催
2015.10.21 丹青モバイルミュージアム、第I期展示開始（-16.1.29）
2015.12.09 フィリピンにて『Mobile Museum Box Project "The Diversity of Natural History in Mindanao"』開催
（フィリピン国立博物館ほか）
2016.05.14 本館常設展示『UMUTオープンラボ—太陽系から人類へ』展開催
2016.03.26 アドバイザーとして参加した「ふじのくに地球環境史ミュージアム」開館
2016.05.21 常設展示『UMUTオープンラボ』展記念連続講演会開催（-16.9.3）
2017.04.01 館長に諏訪元就任（-20.3.31)
2019.08.10 本館建物耐震工事に伴い臨時休館(-21.8.31)
2020.02.01 福島県楢葉町と受託研究締結
2020.02-03 楢葉町歴史資料館分館へ地学系試料の一部を移設
2020.04.01 館長に西秋良宏就任(-26.3.31)
2020.08.25 ボローニャ大学と国際交流協定締結
2021.01.05 小石川分館臨時休館
2021.06.01 国際デザイン学寄付研究部門発足
2022.07.01 「東京大学コレクション未来基金」発足
2023.04.21 楢葉町×東京大学総合研究博物館連携ミュージアム『大地とまちのタイムライン』開館
2024.07.05 国立台湾歴史博物と国際交流協定締結
2026.03.18 佐賀県と研究連携協定締結
2026.04.01 館長に遠藤秀紀就任